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Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  1.8 KB  |  40 lines
  1. ******************************************
  2. * Ubiquitin-activating enzyme signatures *
  3. ******************************************
  4.  
  5. Ubiquitin-activating  enzyme  (E1 enzyme) [1,2] activates ubiquitin  by  first
  6. adenylating with ATP its C-terminal  glycine  residue  and  thereafter linking
  7. this residue to  the  side  chain  of  a  cysteine  residue in E1, yielding an
  8. ubiquitin-E1   thiolester  and  free  AMP.   Later  the  ubiquitin  moiety  is
  9. transferred to a  cysteine  residue on  one  of  the  many forms of ubiquitin-
  10. conjugating enzymes (E2).
  11.  
  12. E1 is  a large monomeric protein of about 110 to 115 Kd (about 1000 residues).
  13. In yeast  it  is  encoded  by a single gene (UBA1) while in plants and mammals
  14. multiple forms  exist  including  a  form  which is Y-linked in mouse and some
  15. other mammals and which may be involved in spermatogenesis.
  16.  
  17. It has been shown [3] that  the  last of the five cysteines that are conserved
  18. in the sequence of E1 from various species is the one that binds ubiquitin. We
  19. have developed  two  patterns  specific for E1, the first pattern contains the
  20. second of  the  five conserved cysteines while the second pattern includes the
  21. active site cysteine.
  22.  
  23. -Consensus pattern: K-A-C-S-G-K-F-x-P
  24. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  25. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  26.  
  27. -Consensus pattern: D-P-P-E-K-x(2)-P-[LIVM]-C-T-[LIVM]-[KRH]-x-F-P
  28.                     [C is the active site residue]
  29. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  30. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  31.  
  32. -Last update: October 1993 / Patterns and text revised.
  33.  
  34. [ 1] Jentsch S., Seufert W., Hauser H.-P.
  35.      Biochim. Biophys. Acta 1089:127-139(1991).
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  40.